Genomics-RNA

An der Core Facility Genomics werden verschiedenste Transkriptomanalysen durchgeführt, wie z.B. small RNA-Seq, bulk-RNA-Seq, single-cell wie auch spatial RNA-Seq sowie Sequenzierungen von Gene Panels und Amplicons.

Dafür kommen unter anderem Illumina- sowie Oxford Nanopore-Technologien zur Sequenzierung zum Einsatz.

Unser Serviceangebot umfasst Projektplanung, labortechnische Laborumsetzung sowie Datenanalyse und Hilfe bei der Interpretation. Unsere Mitarbeiter:innen stehen für Anfragen gerne zur Verfügung.

Unsere Services werden über die iLab Projektmanagement Plattform gebucht:
https://meduniwien.ilabsolutions.com/service_center/show_external/3673?name=muw-core-facilities

Dienstleistungen

Transkriptom Analyse:

• Illumina short read bulkRNA sequencing: mRNA, total RNA, QuantSeq, small RNA, low input protocols
• Oxford Nanopore Technologies long read sequencing: direct RNA, cDNA protocols
• 10x Genomics Visium Spatial Transcriptomics: Fresh Frozen & FFPE
• 10x Genomics single-cell gene expression protocols

Genom-Analyse:

• Amplicon and gene panels

Datenanalyse:
Für alle Experimente können sofort nach Abschluss der Sequenzierung die Rohdaten der Sequenzierung auf der Illumina-Plattform zur Verfügung gestellt werden:

• Intensities im Illumina .bcl-Format
• Die aus den Intensities generierten Files mit den Sequenzen jedes sequenzierten Fragments (reads) im .fastq-Format

Je nach Maßgabe des Experiments und Wunsch der Projektleitung führen wir ausgehend von den fastq-Files eine erste Analyse durch. Diese beinhaltet:

• Alignment gegen ein Referenz-Genom mit STAR aligner
• Bestimmung der rohen Expressionswerte (counts)
• Differenzielle Expressionsanalyse (Vergleich von 2 oder mehreren Gruppen von samples) mit DESeq2 oder anderen geeigneten Analyseprogrammen

Als Ergebnisse dieser ersten Analyse werden beispielsweise zur Verfügung gestellt:

• Die alignment-Files im .bam-Format
• Die rohen counts pro Gen oder pro Isoform pro sample als Tabelle
• Die Ergebnisse der differenziellen Expressionsanalyse als Tabelle, also z.B. fold-change und p-values pro Gen

Weiterführende Analysen können wir ausgehend von diesen Ergebnissen besprechen und bearbeiten. Diese Analysen finden dann auf Kollaborationsbasis statt: Wir entwickeln gerne projektspezifische Analyseprotokolle, führen Analyse von überrepräsentierten Pathways, GO-Terms etc. (enrichment analysis) durch, erstellen Plots, Heatmaps, Figures etc. und erwarten bei entsprechender Verwertung der von uns generierten Ergebnisse und Darstellungen eine Einbindung in daraus entstehende Publikationen als Ko-Autoren.