Genomics-RNA

Die Core Facility Genomics bietet komplette workflows für Bulk, Single-Cell sowie Spatial Transcriptomics Experimente an. Darüber hinaus werden auch Projekt-spezifische Sequenzierungen angeboten. Das Serviceangebot umfasst Projektplanung, labortechnische Laborumsetzung sowie Datenanalyse und Interpretation. Zusätzlich engagiert sich die CF Genomics in der Ausbildung und Weiterbildung durch Organisation von Workshops, Schulungen und Seminaren zu Themen wie Single Cell und Spatial Transcriptomics-technologien, Probenvorbereitung oder bioinformatischen Methoden.

Unsere Services werden über die iLab Projektmanagement Plattform gebucht:
https://meduniwien.ilabsolutions.com/service_center/show_external/3673?name=muw-core-facilities

Dienstleistungen

Transkriptom Analyse:

•    Illumina short read bulkRNA sequencing: mRNA, total RNA, QuantSeq, standard und low input protocols

•    Oxford Nanopore Technologies long read sequencing: direct RNA, cDNA protocols

•    10x Genomics Visium Spatial Transcriptomics

•    10x Genomics single-cell gene expression protocols

•    10x Genomics Xenium in situ Spatial Transcriptomics 

Genom-Analyse:

•    Amplicon and gene panels

Datenanalyse:
Für alle Experimente können sofort nach Abschluss der Sequenzierung die Rohdaten der Sequenzierung auf der Illumina-Plattform zur Verfügung gestellt werden:

•    Intensities im Illumina .bcl-Format

•    Die aus den Intensities generierten Files mit den Sequenzen jedes sequenzierten Fragments (reads) im .fastq-Format

Je nach Maßgabe des Experiments und Wunsch der Projektleitung führen wir ausgehend von den fastq-Files eine erste Analyse durch. Diese beinhaltet:

•    Alignment gegen ein Referenz-Genom mit STAR aligner

•    Bestimmung der rohen Expressionswerte (counts)

•    Differenzielle Expressionsanalyse (Vergleich von 2 oder mehreren Gruppen von samples) mit DESeq2 oder anderen geeigneten Analyseprogrammen

Als Ergebnisse dieser ersten Analyse werden beispielsweise zur Verfügung gestellt:

•    Die alignment-Files im .bam-Format

•    Die rohen counts pro Gen oder pro Isoform pro sample als Tabelle

•    Die Ergebnisse der differenziellen Expressionsanalyse als Tabelle, also z.B. fold-change und p-values pro Gen

Für Xenium in-situ Experimente werden cell-feature matrices, transcripts und segmentation boundaries sowie tissue images zur Verfügung gestellt.

Weiterführende Analysen können wir ausgehend von diesen Ergebnissen besprechen und bearbeiten. Diese Analysen finden dann auf Kollaborationsbasis statt: Wir entwickeln gerne projektspezifische Analyseprotokolle, führen Analyse von überrepräsentierten Pathways, GO-Terms etc. (enrichment analysis) durch, erstellen Plots, Heatmaps, Figures etc. und erwarten bei entsprechender Verwertung der von uns generierten Ergebnisse und Darstellungen eine Einbindung in daraus entstehende Publikationen als Ko-Autoren.