Die Core Facility Genomics ist eine Serviceeinrichtung zur Charakterisierung genetischer Ursachen weit verbreiteter Erkrankungen mittels modernster, Genom-weiter Hochdurchsatz-Analysen, und steht allen Kliniken und Universitätsinstituten und -zentren zur Verfügung.
An der Core Facility Genomics werden verschiedenste Transkriptomanalysen durchgeführt, wie z.B. small RNA-Seq, bulk-RNA-Seq, single-cell wie auch spatial RNA-Seq sowie Sequenzierungen von Gene Panels und Amplicons.
Dafür kommen unter anderem Illumina- sowie Oxford Nanopore-Technologien zur Sequenzierung zum Einsatz.
Unser Serviceangebot umfasst Projektplanung, labortechnische Laborumsetzung sowie Datenanalyse und Hilfe bei der Interpretation. Unsere Mitarbeiter:innen stehen für Anfragen gerne zur Verfügung.
Unsere Services werden über die iLab Projektmanagement Plattform gebucht:
https://meduniwien.ilabsolutions.com/service_center/show_external/3673?name=muw-core-facilities
Dienstleistungen
Transkriptom Analyse:
- Illumina short read bulkRNA sequencing: mRNA, total RNA, QuantSeq, small RNA, low input protocols
- Oxford Nanopore Technologies long read sequencing: direct RNA, cDNA protocols
- 10x Genomics Visium Spatial Transcriptomics: Fresh Frozen & FFPE
- 10x Genomics single-cell gene expression protocols
Genom-Analyse:
- Amplicon and gene panels
Datenanalyse:
Für alle Experimente können sofort nach Abschluss der Sequenzierung die Rohdaten der Sequenzierung auf der Illumina-Plattform zur Verfügung gestellt werden:
- Intensities im Illumina .bcl-Format
- Die aus den Intensities generierten Files mit den Sequenzen jedes sequenzierten Fragments (reads) im .fastq-Format
Je nach Maßgabe des Experiments und Wunsch der Projektleitung führen wir ausgehend von den fastq-Files eine erste Analyse durch. Diese beinhaltet:
- Alignment gegen ein Referenz-Genom mit STAR aligner
- Bestimmung der rohen Expressionswerte (counts)
- Differenzielle Expressionsanalyse (Vergleich von 2 oder mehreren Gruppen von samples) mit DESeq2 oder anderen geeigneten Analyseprogrammen
Als Ergebnisse dieser ersten Analyse werden beispielsweise zur Verfügung gestellt:
- Die alignment-Files im .bam-Format
- Die rohen counts pro Gen oder pro Isoform pro sample als Tabelle
- Die Ergebnisse der differenziellen Expressionsanalyse als Tabelle, also z.B. fold-change und p-values pro Gen
Weiterführende Analysen können wir ausgehend von diesen Ergebnissen besprechen und bearbeiten. Diese Analysen finden dann auf Kollaborationsbasis statt: Wir entwickeln gerne projektspezifische Analyseprotokolle, führen Analyse von überrepräsentierten Pathways, GO-Terms etc. (enrichment analysis) durch, erstellen Plots, Heatmaps, Figures etc. und erwarten bei entsprechender Verwertung der von uns generierten Ergebnisse und Darstellungen eine Einbindung in daraus entstehende Publikationen als Ko-Autoren.