Unsere Geräte

High-speed 4-Wege Zellsorter (18 Fluoreszenzparameter) 
Laser und Filter:

• 355nm (UV): 450/50, 740/35
• 488nm (blue): 530/30, 695/40
• 405nm (violet): 450/50, 525/50, 610/20, 660/20, 710/50, 780/60
• 561nm (yellow-green): 586/15, 610/20, 670/14, 710/50, 780/60
• 633nm (red): 670/30, 730/45, 780/60

High-speed 4-Wege Zellsorter (18 Fluoreszenzparameter) 
Laser und Filter:

• 355nm (UV): 450/50, 740/35
• 405nm (violet): 450/40, 525/50, 610/20, 660/20, 710/50, 780/60
• 488nm (blue): 530/30, 695/40
• 561nm (yellow-green): 582/15, 610/20, 670/14, 710/50, 780/60
• 633nm (red): 670/30, 730/45, 780/60   

High-end Analyse (64 Fluoreszenzkanäle)

Laser:

• 355nm (UV): 16 Kanäle
• 405nm (violet): 16 Kanäle
• 488nm (blue): 14 Kanäle
• 561nm (yellow-green): 10 Kanäle
• 640nm (red): 8 Kanäle

High-end Analyse (19 Fluoreszenzparameter)  

Laser und Filter:

• 355nm (NUV): 450/45, 525/40, 675/30
• 405nm (violet): 450/45, 525/40, 610/20, 660/20, 780/60
• 488nm (blue): 525/40, 610/20, 690/50
• 561nm (yellow-green): 585/42, 610/20, 675/30, 690/50, 780/60
• 638nm (red): 660/20, 712/25, 780/60

Wird gemeinsam mit der Core Facility Proteomics und der Core Facility Imaging angeboten. (Siehe „Geräte Mass Zytometry“)

High-end flow imaging cell analyser (12 Bildkanäle)

Vergrößerung: 20x, 40x, 60x  

Laser und Filter:

• 405nm (violett): 457/45, 537/85
• 488nm (blau): 528/65, 577/35, 610/30, 702/85, 762/35
• 561nm (gelb-grün): 577/35, 610/30, 702/85, 762/35
• 642nm (rot): 702/85, 745/35

Immuno-Capture-Chip-basiertes System zur Analyse kleinster Extrazellulärer Vesikel (Tetraspanine: CD9, CD63, CD81)

High-end Analyse: (18 Fluoreszenzparameter)

Laser und Filter:

• 355nm (UV): 450/50, 570/30
• 407nm (violet): 450/50, 525/50, 610/20, 660/20, 710/50, 780/60
• 488nm (blue): 530/30, 695/40
• 561nm (yellow-green): 586/15, 610/20, 670/30, 696/40, 780/60
• 633nm (red): 670/30, 730/45, 780/60

Analyse von kleinsten Partikeln

Laser:

• 488nm zur Detektion eines Fluoreszenzfarbstoffs

Der Agilent 2100 Bioanalyzer ist eine auf Mikrofluidik basierende Plattform zur Größenbestimmung, Quantifizierung und Qualitätskontrolle von DNA und RNA.

Das CFX96 Touch System ist ein Real-Time PCR-Detektionssystem, ausgestattet mit einem 6-Farben-Detektionsystem im 96well-Format.

Bis zu 1500 GB Output mit 25 Millionen Sequenzierungslesungen und 2 × 75 bp Leselängen.

Bis zu 15 GB Output mit 25 Millionen Sequenzierungslesungen und 2 × 300 bp Leselängen.

Bis zu 120 GB Output mit 400 Millionen Sequenzierungslesungen und 2 × 150 bp Leselängen.

Bis zu 360 GB Output mit 1200 Millionen Sequenzierungslesungen und 2 × 150 bp Leselängen.

Einzelzell-Analysen basierend auf der sogenannten „Next GEM technology“.

Das NanoDrop^® ND-1000 ist ein Vollspektrum-Spektralphotometer (220–750nm), das 1 ul-Proben mit hoher Genauigkeit misst.

Long-read Einzelmolekül-Sequenziertechnik mittels Nanoporen

• Maximaler Durchsatz: 10–20 GB (MinIon); 50–100 GB (GridIon)
• Leselänge: 20 B bis  > 2 MB
• Maximale Anzahl an „Flow cells“: 1 (MinIon); 5 (GridIon)

Qubit-Assays bieten eine genaue, spezifische und empfindliche Quantifizierung von DNA und RNA mittels Fluoreszenzmessungen.

Ein Instrument zur automatisierten Übertragung transkriptomischer Sonden von Gewebeschnitten auf Visium-Objektträger.

Die beiden „Axio Imager M2“ von Zeiss sind aufrechte Weitfeldmikroskope mit der Möglichkeit für Durchlicht- und Fluoreszenzaufnahmen.  

Sie sind mit einer 5 Megapixel CCD Kamera (MRc5 Axiocam) ausgestattet und in die aktuelle „Zen blue“ Softwareplattform integriert.

Das System ermöglicht folgende Anwendungen:

• Durchlichtaufnahmen (in Farbe)
• Multifluoreszenzaufnahmen (Filter: DAPI, GFP, Cy3, Cy5)
• Polarisationsaufnahmen (z.B. für Picro-Sirius-Red Färbungen)

Das Axioscope ist ein einfaches aufrechtes Mikroskop mit der Möglichkeit für Durchlicht- und Dunkelfeld-Anwendungen. Es dient zur Sichtung von Gewebeschnitten und ist mit keiner Kamera ausgestattet.

Das „Axiovert“ von Zeiss ist ein inverses Zellkultur-Mikroskop mit der Möglichkeit für Durchlicht- und Fluoreszenz-Aufnahmen. Das Mikroskop ist mit einer 5 MP CCD Kamera ausgestattet und mit einer Workstation (Zen-Software) verbunden.

Das System ermöglicht folgende Anwendungen (oder Kombinationen davon):

• Zellkultur-Aufnahmen mit Phasenkontrast
• Zeitserien
• Fluoreszenz mit GFP- oder Rhodamin-Filter

Live Cell Imaging Mikroskop inkl. TIRF-Modul

Das Live Cell Imaging Mikroskop IX83 ist ein inverses Weitfeldmikroskop von Olympus. Es ist ausgestattet mit einer High-End-Kamera (Hamamatsu Orca Flash 4 sCMOS), einer Farbkamera (UC90-Olympus), einer großen Inkubationskammer für konstante Temperatur und additiven kleinen Inkubationskammern (Ibidi) für die Versorgung mit CO₂ und Luftbefeuchtung.

Die TIRF-Option basiert auf einem motorisierten intergrierten TIRF-Illuminationskombinator mit 4 Laserfasereingängen und einem Eingang für Weitfeld-Beleuchtung.

Das System ermöglicht folgende Anwendungen oder Kombinationen davon:

• Phasenkontrast oder DIC-Aufnahmen
• Fluoreszenzaufnahmen (Filter: DAPI, GFP, Cy3, Cy5, CFP, YFP)
• Z-Stapel (3D)
• Zeitreihen
• Aufnehmen von verschiedenen Positionen
• Große Übersichtsbilder
• Lebend-Zell-Mikroskopie
• TIRF-Aufnahmen (Laser: 405nm, 488nm, 561nm)

• Kryostat
  Mit dem Kryostat CM3050S von Leica können Gefrierschnitte verschiedener Dicke angefertigt werden. Das Gerät ist motorisiert und ermöglicht daher ein präzises Schneiden und das Herstellen von dünnen Serienschnitten.
• Paraffinmikrotome
  Mit den beiden Rotationsmikrotomen RM2255 von Leica können Paraffinschnitte verschiedener Dicke angefertigt werden.

Das SP8 von Leica ist ein inverses Punkt-Laserscanning-Mikroskop. Es ist ausgestattet mit einem Weißlichtlaser und 2 PMTs, 2 HyDs (GaAsP-Detektor für Gated Imaging) und einem HyD S Detektor für zeitkorrelierte Einzelphotonenzählung und FLIM).

Das System ermöglicht folgende Anwendungen (oder Kombinationen davon):

• Konfokale Fluoreszenzaufnahme (Laser: 405 + gepulster Weißlichtlaser 470–670nm)
• Z-Stapel (3D)
• Zeitreihen
• Aufnehmen von verschiedenen Positionen
• FRET- Analysen
• Online-Intensitätsmessungen
• FLIM (Fluoreszenzlebensdauer-Mikroskopie)
• Lightning Modus (adaptive Dekonvolution für höhere Auflösung)
• Light Sheet (für schnelle 3D Aufnahmen von transparenten oder geklärten Proben)

Das LSM 700 von Zeiss ist ein inverses Punkt-Laserscanning-Mikroskop. Es ist ausgestattet mit 4 Festkörperlasern und 2 PMT-Detektoren. Das System zeichnet sich durch große Benutzer:innen-Freundlichkeit aus (Software: Zen black).

Das System ermöglicht folgende Anwendungen (oder Kombinationen davon):

• Hochauflösende Multifluoreszenz-Bilder (Laser: 405nm, 488nm, 555nm, 639nm)
• Z-Stapel (3D)

Das LSM 980 ist ein inverses Punkt-Laserscanning-Mikroskop. Es ist ausgestattet mit einem hochsensitiven 32 GaAsP (Gallium Arsenide), 2 PMTs und 1 AiryScan2 Detektor für Super-Resolution- oder Hochgeschwindigkeitsaufnahmen. Eine Inkubationskammer ermöglicht optimale Bedingungen auch für lebende Zellen. Software: Zen blue 3.3

• Hochaufgelöste konfokale Fluoreszenzbilder (Laser: 405nm, 445nm, 488nm, 514nm, 561nm, 594nm, 639nm)
• Z-Stapel (3D)
• Zeitserien, live cell imaging
• Multiple Positions
• Tiles, große Übersichtsbilder (mit Sample-Navigator)
• FRET, FRAP
• Online-Intensitätsmessungen
• Super-Resolution-Bilder mit dem Airyscan 2

Die MACSima Imaging Plattform ist ein vollautomatisiertes Fluoreszenzmikroskop das es ermöglicht 200+ Proteine auf einer einzigen Probe (FFPE, fresh frozen oder Zellkultur) aufzunehmen, und schafft so Zugang zu Spatial Proteomics.

• Voll automatisierte zyklische Färbung, Aufnahme und Entfärbung.
• Freie Wahl der verwendeten Antikörper
• <400 nm optischerAuflösung
• MACS® iQ Analyse Software
• Multiomics durch zusätzliche Aufnahme von bis zu 27 RNAs

Das Spinning Disk Mikroskop von Olympus ermöglicht konfokal Aufnahmen mit einer lateralen Auflösung von bis zu 150 nm, bis zu 50x schneller als klassische Laserscanning Mikroskope.

Das System ermöglicht folgende Anwendungen (oder Kombinationen davon):

• Schnelle und milde konfokale Fluoreszenzaufnahmen (Laser: 405, 488, 561, 640 nm)
• Parallele Multikanal-Aufnahmen durch 2 ORCA-FUSION Kameras (Hamamatsu)
• Hohe Auflösung (150 nm) durch zusätzliche SoRa-Spinning-Disk 
• Lebend-Zell-Mikroskopie
• Z-Stapel, Zeitserien und Multiposition
• Objektive: 4x trocken, 10x trocken, 20x trocken, 30x Silikonöl (NA 1.05), 60x Silikonöl (NA 1.3), 100x Silikonöl (NA 1.35)
• cellSens Dimensions Software (inkl. Dekonvolution) 

Der ONI Nanoimager ist ein dSTORM Mikroskop das eine Auflösung von 20 nm erreicht, also 10x besser als ein Standard-Konfokalmikroskop.   

• Hochaufgelöste mehrfarbige Fluoreszenzbilder (Laser: 405nm, 488nm, 561nm, 640 nm)
• 20 nm optische Auflösung mittels Stochastic Optical Reconstruction Microscopy
• Spezielle Module zur Analyse von extrazellulären Vesikel (EVs).
• Online Analysesoftware CODI

Das Lumar ist ein motorisiertes Stereomikroskop von Zeiss, mit der Möglichkeit für Durchlicht- und Fluoreszenzaufnahmen. Das Mikroskop ist mit einer 5 MP CCD Kamera ausgestattet und mit einer Workstation verbunden (Zen blue).

Das System ermöglicht folgende Anwendungen (oder Kombinationen davon):

• Optimal zur Präparation größerer Samples
• Durchlichtaufnahmen
• Multifluoreszenzaufnahmen (Filter: DAPI, GFP, Rhodamin, Cy5)
• 3D
• Zeitserien

Das TissueFAXs ist ein automatisierter Slide- bzw. Plattenscanner auf der Basis eines Axio Observers von Zeiss. Auf dieses Gerät können 12 Slides bzw. 2 Platten geladen werden. Es ist ausgestattet mit 1 Farbkamera (Baumer HXG40c) und 1 Fluoreszenzkamera (Hamamatsu Orca Flash 4.0) für die Aufnahme von bis zu 5 Fluoreszenzkanälen (Filtersets: DAPI, GFP, Cy3, Cy5, C7).

Die Analysesoftware HistoQuest and TissueQuest ist auf einer der Workstations in der Facility verfügbar.

Das  System ermöglicht folgende Anwendungen (oder Kombinationen davon):

• Automatisierte Multikanalaufnahmen
• Individuell definierbare Region of Interest (ROI)
• Automatisierte Einzelzelldetektion mit patentierten Algorithmen
• Forward Gating von der einzelnen Zelle hin zum Scattergramm
• Backward Gating vom einzelnen Punkt im Scattergramm hin zur individuellen Zelle in der Probe
• Genaue Analyse von Zellen durch Gaten von bestimmten Regionen am DotPlot
• Histogramme

Mit dem Slide-Scanner Vectra Polaris von Akoya kann man Weitfeld und Fluoreszenz aufnehmen. Es lassen sich bis zu 80 Objektträger in einem Durchgang scannen.

Es können 7 bis 9 Farben multispektral gescannt werden, die dann mit Hilfe einer Software spektral getrennt werden. Das Scannen von TMA-Objektträgern ist ebenfalls möglich.

Filtersätze:

• DAPI, Opal 570, Opal 690
• Opal 480, Opal 620, Opal 780
• Opal 520

Übersetzt auf andere Farbstoffe:

• Opal 480 ähnlich Coumarin
• Opal 520 ähnlich Alexa488, FITC, Cy2, GFP
• Opal 570 ähnlich Alexa555, Cy3
• Opal 620 ähnlich Alexa594, Texas Red, RFP
• Opal 690 ähnlich Alexa660-700, Cy5
• Opal 780 ähnlich Alexa750, Cy7

User:innen stehen diverse Analysesoftware-Pakete zur Verfügung. Für alle Bilder, die in der Imaging Facility aufgenommen wurden, ist die Benützung der Analysesoftware kostenlos auf den Workstations möglich.

• Arivis 3D, 4D Browser:
  Zur Visualisierung von Z-Stacks in 3D, 4D. Weiters sind folgene Analysen möglich: FRET, Kolokalisation, Ratio-Messungen, 4D-Movies mit Storyboard, Native Resolution Screenshots, Simple Dynamics, Extended Focus Modul, Record Macros und Scripting (Python)
  
   
• HALO Analysesoftware:
  Bedienungsfreundliche Analysesoftware für Brightfield und Fluoreszenzbilder. Verfügbare Module: Highplex Fluoreszenz, Multiplex IHC, Immuncells, Deconvolution, Area Quantification, Muscle Fibers, Object co-localisation

Massenzytometer, ICP-TOF-MS Technologie. Geeignet für Multiplex-Analysen in Zellsuspensionen auf Einzelzellebene.

Ist mit einem 200 GHz-pulsed UV Laser ausgestattet, welcher in 1x1um-Spots Material von Metallisotop-markierten Gewebeschnitten abträgt. Als Detektionssystem wird das CyTOF Helios Massenzytometer verwendet.

Wir bieten unseren Kund:innen Zugang zu folgenden Analyseprogrammen:

• Maxpar Pathsetter (Standard Biotools)
• FCS Express (De Novo Software)
• Cytobank (Beckman Coulter)
• FlowJo (BD Biosciences)

Zur Reduktion der Proben-Komplexität stellt die Proteomics Unit folgende Trennsysteme zur Verfügung:

• Ultimate 3000 (Thermo Fisher) HPLC-Fraktioniersystem zur Trennung mit variablen Flussraten und Fraktionen-Sammlung
• Gel-basierte Methoden – 1D- oder 2D-Fraktionierung von intakten Proteinen (inkl. Isoformen und postranslationalen Modifikationen)

Die Proteomics Unit betreibt folgende LC-MS Systeme:

• Orbitrap Exploris 480 MS mit FAIMS (Thermo Fisher) mit Ultimate 3000 (Thermo Fisher) nano-HPLC Trennsystem
• Orbitrap QExactive Plus (Thermo Fisher) mit Ultimate 3000 (Thermo Fisher) nano-HPLC Trennsystem
• TIMS-ToF Pro (Bruker) mit Ultimate 3000 (Thermo Fisher) nano-HPLC Trennsystem
• maXis II qToF (Bruker) mit Ultimate 3000 (Thermo Fisher) nano-HPLC Trennsystem
• QTrap 6500 (SCIEX) mit LC20 AD XR (Shimadzu) micro-HPLC Trennsystem

Für Orts-aufgelöste Analyse von Proteinen bzw. zur zielgerichteten Analyse von Proteinen auf Einzelzell-Niveau betreibt die Proteomics Unit folgende Technologien:

• Rapiflex MALDI Tissuetyper (Bruker)
• HTX-M5 Sprayer (HTX-Imaging)
• Helios CyToF ICP-MS für Flow-ICP-MS und Laser Ablation-ICP-MS Imaging (zusammen mit den Core Facilities Flow Cytometry und Imaging)