Here you can find which equipment the Core Facilities use or offer for their services, sorted by units.
High-speed 4-way cell sorter (18 fluorescence parameters)
Lasers and filters:
- 355nm (UV): 450/50, 740/35
- 488nm (blue): 530/30, 695/40
- 405nm (violet): 450/50, 525/50, 610/20, 660/20, 710/50, 780/60
- 561nm (yellow-green): 586/15, 610/20, 670/14, 710/50, 780/60
- 633nm (red): 670/30, 730/45, 780/60
High-speed 4-way cell sorter (18 fluorescence parameters)
Lasers and filters:
- 355nm (UV): 450/50, 740/35
- 405nm (violet): 450/40, 525/50, 610/20, 660/20, 710/50, 780/60
- 488nm (blue): 530/30, 695/40
- 561nm (yellow-green): 582/15, 610/20, 670/14, 710/50, 780/60
- 633nm (red): 670/30, 730/45, 780/60
High-end analysis (64 fluorescence parameters)
Lasers:
- 355nm (UV): 16 Kanäle
- 405nm (violet): 16 Kanäle
- 488nm (blue): 14 Kanäle
- 561nm (yellow-green): 10 Kanäle
- 640nm (red): 8 Kanäle
High-end analysis (13 fluorescence parameters)
Lasers and filters:
- 405nm (violet): 450/45, 525/40, 610/20, 660/20
- 488nm (blue): 525/40, 695/50
- 561nm (yellow-green): 585/42, 610/20, 690/50, 780/60
- 638nm (red): 660/20, 712/25, 780/60
High-end analysis (19 fluorescence parameters)
Lasers and filters:
- 355nm (NUV): 450/45, 525/40, 675/30
- 405nm (violet): 450/45, 525/40, 610/20, 660/20, 780/60
- 488nm (blue): 525/40, 610/20, 690/50
- 561nm (yellow-green): 585/42, 610/20, 675/30, 690/50, 780/60
- 638nm (red): 660/20, 712/25, 780/60
Our instruments are shared between the Units Flow Cytometry, Proteomics and Imaging. (See „Instruments Mass Cytometry“)
High-end flow imaging cell analyser (12 imaging channels)
Magnification: 20x, 40x, 60x
Lasers and filters:
- 405nm (violett): 457/45, 537/85
- 488nm (blau): 528/65, 577/35, 610/30, 702/85, 762/35
- 561nm (gelb-grün): 577/35, 610/30, 702/85, 762/35
- 642nm (rot): 702/85, 745/35
High-end analysis (18 fluorescence parameters)
Lasers and filters:
- 355nm (UV): 450/50, 570/30
- 407nm (violet): 450/50, 525/50, 610/20, 660/20, 710/50, 780/60
- 488nm (blue): 530/30, 695/40
- 561nm (yellow-green): 586/15, 610/20, 670/30, 696/40, 780/60
- 633nm (red): 670/30, 730/45, 780/60
Analysis of small particles
Laser:
- 488nm for detection of one fluorescent dye
The Agilent 2100 Bioanalyzer is a microfluidics-based platform for sizing, quantification, and quality control of DNA and RNA.
The CFX96 Touch System is a real-time PCR detection system equipped with a 6-color detection system in 96-well format.
Up to 1500 GB output with 25 million sequencing reads and 2 × 75 bp read lengths.
Up to 15 GB output with 25 million sequencing reads and 2 × 300 bp read lengths.
Up to 120 GB output with 400 million sequencing reads and 2 × 150 bp read lengths.
Up to 360 GB output with 1200 million sequencing reads and 2 × 150 bp read lengths.
Single cell analyzes based on the so-called “Next GEM technology”.
The NanoDrop ® ND-1000 is a full spectrum spectrophotometer (220-750nm) that measures 1ul samples with high accuracy.
Long-read single-molecule sequencing technology using nanopores
- Maximum throughput: 10-20 GB (MinIon); 50-100GB (GridIon)
- Read length: 20 B to > 2 MB
- Maximum number of “flow cells”: 1 (MinIon); 5 (GridIon)
Qubit assays provide accurate, specific and sensitive quantification of DNA and RNA using fluorescence measurements.
An instrument to facilitate the transfer of transcriptomic probes from sectioned tissues to Visium Slides.
Die beiden „Axio Imager M2“ von Zeiss sind aufrechte Weitfeldmikroskope mit der Möglichkeit für Durchlicht- und Fluoreszenzaufnahmen.
Sie sind mit einer 5 Megapixel CCD Kamera (MRc5 Axiocam) ausgestattet und in die aktuelle „Zen blue“ Softwareplattform integriert.
Das System ermöglicht folgende Anwendungen:
- Durchlichtaufnahmen (in Farbe)
- Multifluoreszenzaufnahmen (Filter: DAPI, GFP, Cy3, Cy5)
- Polarisationsaufnahmen (z.B. für Picro-Sirius-Red Färbungen)
Das Axioscope ist ein einfaches aufrechtes Mikroskop mit der Möglichkeit für Durchlicht- und Dunkelfeld-Anwendungen. Es dient zur Sichtung von Gewebeschnitten und ist mit keiner Kamera ausgestattet.
Das „Axiovert“ von Zeiss ist ein inverses Zellkultur-Mikroskop mit der Möglichkeit für Durchlicht- und Fluoreszenz-Aufnahmen. Das Mikroskop ist mit einer 5 MP CCD Kamera ausgestattet und mit einer Workstation (Zen-Software) verbunden.
Das System ermöglicht folgende Anwendungen (oder Kombinationen davon):
- Zellkultur-Aufnahmen mit Phasenkontrast
- Zeitserien
- Fluoreszenz mit GFP- oder Rhodamin-Filter
Live Cell Imaging Mikroskop inkl. TIRF-Modul
Das Live Cell Imaging Mikroskop IX83 ist ein inverses Weitfeldmikroskop von Olympus. Es ist ausgestattet mit einer High-End-Kamera (Hamamatsu Orca Flash 4 sCMOS), einer Farbkamera (UC90-Olympus), einer großen Inkubationskammer für konstante Temperatur und additiven kleinen Inkubationskammern (Ibidi) für die Versorgung mit CO2 und Luftbefeuchtung.
Die TIRF-Option basiert auf einem motorisierten intergrierten TIRF-Illuminationskombinator mit 4 Laserfasereingängen und einem Eingang für Weitfeld-Beleuchtung.
Das System ermöglicht folgende Anwendungen oder Kombinationen davon:
- Phasenkontrast oder DIC-Aufnahmen
- Fluoreszenzaufnahmen (Filter: DAPI, GFP, Cy3, Cy5, CFP, YFP)
- Z-Stapel (3D)
- Zeitreihen
- Aufnehmen von verschiedenen Positionen
- Große Übersichtsbilder
- Lebend-Zell-Mikroskopie
- TIRF-Aufnahmen (Laser: 405nm, 488nm, 561nm)
- Kryostat
Mit dem Kryostat CM3050S von Leica können Gefrierschnitte verschiedener Dicke angefertigt werden. Das Gerät ist motorisiert und ermöglicht daher ein präzises Schneiden und das Herstellen von dünnen Serienschnitten. - Paraffinmikrotome
Mit den beiden Rotationsmikrotomen RM2255 von Leica können Paraffinschnitte verschiedener Dicke angefertigt werden.
Das SP8 von Leica ist ein inverses Punkt-Laserscanning-Mikroskop. Es ist ausgestattet mit einem Weißlichtlaser und 3 PMTs und zwei HyDs (GaAsP-Detektor für Gated Imaging).
Das System ermöglicht folgende Anwendungen (oder Kombinationen davon):
- Konfokale Fluoreszenzaufnahme (Laser: 405nm + gepulster Weißlichtlaser 470–670nm)
- Z-Stapel (3D)
- Zeitreihen
- Aufnehmen von verschiedenen Positionen
- FRET- Analysen
- Online-Intensitätsmessungen
- FLIM (Fluoreszenzlebensdauer-Mikroskopie)
Das LSM 700 von Zeiss ist ein inverses Punkt-Laserscanning-Mikroskop. Es ist ausgestattet mit 4 Festkörperlasern und 2 PMT-Detektoren. Das System zeichnet sich durch große Benutzer:innen-Freundlichkeit aus (Software: Zen black).
Das System ermöglicht folgende Anwendungen (oder Kombinationen davon):
- Hochauflösende Multifluoreszenz-Bilder (Laser: 405nm, 488nm, 555nm, 639nm)
- Z-Stapel (3D)
Das LSM 980 ist ein inverses Punkt-Laserscanning-Mikroskop. Es ist ausgestattet mit einem hochsensitiven 32 GaAsP (Gallium Arsenide), 2 PMTs und 1 AiryScan2 Detektor für Super-Resolution- oder Hochgeschwindigkeitsaufnahmen. Eine Inkubationskammer ermöglicht optimale Bedingungen auch für lebende Zellen. Software: Zen blue 3.3
- Hochaufgelöste konfokale Fluoreszenzbilder (Laser: 405nm, 445nm, 488nm, 514nm, 561nm, 594nm, 639nm)
- Z-Stapel (3D)
- Zeitserien, live cell imaging
- Multiple Positions
- Tiles, große Übersichtsbilder (mit Sample-Navigator)
- FRET, FRAP
- Online-Intensitätsmessungen
- Super-Resolution-Bilder mit dem Airyscan 2
Das Lumar ist ein motorisiertes Stereomikroskop von Zeiss, mit der Möglichkeit für Durchlicht- und Fluoreszenzaufnahmen. Das Mikroskop ist mit einer 5 MP CCD Kamera ausgestattet und mit einer Workstation verbunden (Zen blue).
Das System ermöglicht folgende Anwendungen (oder Kombinationen davon):
- Optimal zur Präparation größerer Samples
- Durchlichtaufnahmen
- Multifluoreszenzaufnahmen (Filter: DAPI, GFP, Rhodamin, Cy5)
- 3D
- Zeitserien
Das TissueFAXs ist ein automatisierter Slide- bzw. Plattenscanner auf der Basis eines Axio Observers von Zeiss. Auf dieses Gerät können 12 Slides bzw. 2 Platten geladen werden. Es ist ausgestattet mit 1 Farbkamera (Baumer HXG40c) und 1 Fluoreszenzkamera (Hamamatsu Orca Flash 4.0) für die Aufnahme von bis zu 5 Fluoreszenzkanälen (Filtersets: DAPI, GFP, Cy3, Cy5, C7).
Die Analysesoftware HistoQuest and TissueQuest ist auf einer der Workstations in der Facility verfügbar.
Das System ermöglicht folgende Anwendungen (oder Kombinationen davon):
- Automatisierte Multikanalaufnahmen
- Individuell definierbare Region of Interest (ROI)
- Automatisierte Einzelzelldetektion mit patentierten Algorithmen
- Forward Gating von der einzelnen Zelle hin zum Scattergramm
- Backward Gating vom einzelnen Punkt im Scattergramm hin zur individuellen Zelle in der Probe
- Genaue Analyse von Zellen durch Gaten von bestimmten Regionen am DotPlot
- Histogramme
Mit dem Slide-Scanner Vectra Polaris von Akoya kann man Weitfeld und Fluoreszenz aufnehmen. Es lassen sich bis zu 80 Objektträger in einem Durchgang scannen.
Es können 7 bis 9 Farben multispektral gescannt werden, die dann mit Hilfe einer Software spektral getrennt werden. Das Scannen von TMA-Objektträgern ist ebenfalls möglich.
Filtersätze:
- DAPI, Opal 570, Opal 690
- Opal 480, Opal 620, Opal 780
- Opal 520
Übersetzt auf andere Farbstoffe:
- Opal 480 ähnlich Coumarin
- Opal 520 ähnlich Alexa488, FITC, Cy2, GFP
- Opal 570 ähnlich Alexa555, Cy3
- Opal 620 ähnlich Alexa594, Texas Red, RFP
- Opal 690 ähnlich Alexa660-700, Cy5
- Opal 780 ähnlich Alexa750, Cy7
User:innen stehen diverse Analysesoftware-Pakete zur Verfügung. Für alle Bilder, die in der Imaging Facility aufgenommen wurden, ist die Benützung der Analysesoftware kostenlos auf den Workstations möglich.
- Arivis 3D, 4D Browser:
Zur Visualisierung von Z-Stacks in 3D, 4D. Weiters sind folgene Analysen möglich: FRET, Kolokalisation, Ratio-Messungen, 4D-Movies mit Storyboard, Native Resolution Screenshots, Simple Dynamics, Extended Focus Modul, Record Macros und Scripting (Python)
- Huygens Deconvolution Software:
Die Deconvulution ist ein Bildverarbeitungsverfahren, das zur Verbesserung des Kontrasts und der Auflösung von Bildern (Widefield, Brightfield, Confocal) verwendet wird. Zusätzliche verfügbare Module: Full-File-readers Option, Surface Renderer, Chromatic Shift Corrector, Advanced Object Analyser
- HALO Analysesoftware:
Bedienungsfreundliche Analysesoftware für Brightfield und Fluoreszenzbilder. Verfügbare Module: Highplex Fluoreszenz, Multiplex IHC, Immuncells, Deconvolution, Area Quantification, Muscle Fibers, Object co-localisation
ICP-TOF-MS technology. Suitable for multiplexed antibody-mediated analysis of single cells (single cell proteomics)
CyTOF technology coupled with laser ablation of tissue/ cell material on glass slides. Suitable for studying tissue architecture and in-depth phenotyping of cells on subcellular resolution
We offer our customers access to the following analysis programs:
- Maxpar Pathsetter (Standard Biotools)
- FCS Express (De Novo Software)
- Cytobank (Beckman Coulter)
- FlowJo (BD Biosciences)
To reduce sample complexity, the Proteomics Unit provides the following separation systems:
- Ultimate 3000 (Thermo Fisher) HPLC fractionation system for variable flow rate separation and fraction collection.
- Gel-based methods - 1D or 2D fractionation of intact proteins (incl. isoforms and post-translational modifications)
The Proteomics Unit operates the following LC-MS systems:
- Orbitrap Exploris 480 MS with FAIMS (Thermo Fisher) with Ultimate 3000 (Thermo Fisher) nano-HPLC separation system.
- Orbitrap QExactive Plus (Thermo Fisher) with Ultimate 3000 (Thermo Fisher) nano-HPLC separation system
- TIMS-ToF Pro (Bruker) with Ultimate 3000 (Thermo Fisher) nano-HPLC separation system
- maXis II qToF (Bruker) with Ultimate 3000 (Thermo Fisher) nano-HPLC separation system
- QTrap 6500 (SCIEX) with LC20 AD XR (Shimadzu) micro-HPLC separation system
For spatially resolved analysis of proteins or for targeted analysis of proteins at the single cell level, the Proteomics Unit operates the following technologies:
- Rapiflex MALDI Tissuetyper (Bruker)
- HTX-M5 Sprayer (HTX Imaging)
- Helios CyToF ICP-MS for Flow-ICP-MS and Laser Ablation-ICP-MS Imaging (together with the Core Facilities Flow Cytometry and Imaging)