Die Bioinformatik-Experten der Core Facilities zählen es zu ihren Kernaufgaben, eigenständige Analyse-Abläufe für die häufigsten Experimenttypen an der Core Facility zusammenzustellen, zu testen und reproduzierbar zu machen, die Erstanalysen nach der Datenerhebung durchzuführen und die Ergebnisse mit projekt-spezifischen Anleitungen zur Interpretation zu versenden. Derzeit wird hauptsächlich der Bereich von NGS-basierten Transkriptomanalysen sowie Bildanalysen betreut.
Die Analysen werden auf einer lokalen Workstation, einem virtuellen Linux Rechner am MUW ITSC sowie am Meduni Scientific Cluster (MSC, link: https://msc.hpc.meduniwien.ac.at) durchgeführt.
Unser Anspruch ist es, den Spalt zwischen Laborexperiment und Datenauswertung zu überwinden und so das Maximum an biologischen Schlussfolgerungen aus wertvollen und kostenintensiven Experimenten herauszuholen.
Dienstleistungen
- Kontakt für Serviceanfragen im Bereich der Transkriptom-Sequenzierung bei komplexeren Projekten und Probenkonstellationen, die projektspezifisch und wenig automatisierbar geplant und bearbeitet werden müssen
- Erstanalyse von Transkriptom-Projekten, die an den Core Facilities sequenziert werden
- Aktuelle Information über neu verfügbare Analyse-Programme aus dem Open Source Bereich (inkl. R/Bioconductor)
- Hilfe bei der Analyse von Bilddaten, die an den Core Facilities von Geräten wie MACsima, CyTOF Hyperion, MALDI-MSI, Xenium, Olympus IXplore SpinSR, und anderen bildgebenden Systemen erzeugt werden
- Beurteilung von Hintergrundrauschen und Artefakten in Bilddaten
- Segmentierungsalgorithmen fuer MACSima und CyTOF Hyperion, sowie Hilfe mit massgeschneiderter Segmentierung (auf Anfrage)
- Probieren neue Programme aus und integrieren ausgewählte Programme in bestehende Analyse-Abläufe
- Individuelle Sprechstunden mit Kund:innen der Core Facilities
- Kontaktaufnahme mit den Herstellerfirmen technologischer Geräte im Zusammenhang mit projekt-spezifischen Experimenten und Analysen
- Kurse und Seminare für Kolleg:innen der MedUni Wien
- Vortragende für technologische Seminare und Workshops
- Information zu Rechenresourcen fuer Bioinformatik an der MedUni Wien in Zusammenarbeit mit dem ITSC
- Vernetzung von Bioinformatiker:innen an der MedUni Wien und darüber hinaus, sowie mit Forscher:innen zur kollaborativen Datenanalyse
Mag.a Dr.in Sophia Derdak
Bioinformatics / Transcriptomics